Sebuah unit atau bagian dalam struktur organisasi Fakultas Syariah Universitas Islam Negeri Sultan Aji Muhammad Idris Samarinda yang bertugas untuk memastikan bahwa seluruh kegiatan akademik dan non-akademik di lingkungan fakultas tersebut berjalan sesuai dengan standar mutu yang telah ditetapkan. Di bawah Unit Penjaminan Mutu terdapat Gugus Kendali Mutu yang bertanggung jawab di masing-masing program studi.