Fakultas Syariah sebelumnya berbentuk Jurusan Fakultas Syariah di lingkungan Sekolah Tinggi Agama Islam Negeri (STAIN) Samarinda tahun 1997. Seiring berjalannya waktu, Jurusan Fakultas Syariah berubah menjadi Fakultas Syariah bersamaan dengan berubahnya status STAIN menjadi Institut Agama Islam Negeri (IAIN) Samarinda sejak 2014.
Fakultas Syariah dipimpin seorang Dekan dibantu Wakil Dekan I Bidang akademik, Wakil Dekan II Bidang Administrasi Keuangan, dan Wakil Dekan III Bidang Kemahasiswaan dan Kerjasama.
Dalam operasional akademik, Fakultas Syariah dipimpin 3 (tiga) Ketua Program Studi, masing-masing: Ketua Program Hukum Keluarga (HK), Ketua Program Studi Hukum Ekonomi syariah (HES), dan Ketua Program Studi Hukum Tata Negara (HTN).
Dalam operasional administrasi dan keuangan, Fakultas Syariah dikelola oleh sub bagian Akademik, Umum dan Keuangan.
Dekan
Wakil Dekan I
Wakil Dekan II
Wakil Dekan III
Ketua Jurusan Pidana Politik Islam
Koordinator Program Studi
Hukum Keluarga
Sekretaris Jurusan Muamalah
Sekretaris Jurusan Pidana Politik Islam
Sekretaris Jurusan Ilmu Syariah
Koordinator Program Studi Hukum Ekonomi Syariah
Ketua UPM Fasya
Koordinator Program Studi
Hukum Tata Negara